검수 전 초안
병의원 세무·회계, 원장님의 단계마다 챙길 일이 다릅니다
봉직의에서 은퇴까지, 원장님이 지나는 단계와 병원의 돈이 거치는 신고를 한 쪽에 모았습니다. 법령과 국세청 안내에 적힌 기준·기한·확인할 것만 적었고, 세금 기준은 개인이 연 병의원(소득세법) 기준입니다.
핵심 사실
- 면세 진료만 하는 개인 병의원은 한 해의 사업장 현황을 다음 해 2월 10일까지 관할 세무서에 신고합니다(사업장 현황신고).
- 의사·치과의사·한의사의 진료는 부가가치세 면제가 원칙이고, 요양급여 대상에서 빠지는 진료 가운데 시행령에 열거된 진료만 면세에서 제외됩니다.
- 병의원은 현금영수증 의무발행업종이라, 건당 거래금액(부가가치세액 포함)이 10만원 이상인 대금을 현금으로 받으면 환자가 요청하지 않아도 현금영수증을 발급합니다.
원장님의 단계 — 봉직의부터 은퇴·승계까지
원장님이 지나는 단계를 순서대로 적었습니다. 따로 쪽이 있는 단계는 이름을 누르면 이어지고, 이 쪽이 맡은 단계는 아래 절에 사실을 적었습니다.
- 봉직의 — 병원에 고용되어 일하는 시기입니다. 근로소득으로 받는 경우의 연말정산과 신고는 아래 '봉직의일 때'에 있습니다.
- 개원 준비 — 사업자등록은 사업장마다 사업 개시일부터 20일 이내에 신청합니다. 의원 개설신고, 개업 전 지출, 임대차와 의료장비도 이 단계에서 정리합니다.
- 개원 첫해 — 그해 새로 사업을 시작했다면 그해에는 소득세 중간예납 대상에서 빠집니다. 첫 사업장 현황신고와 첫 종합소득세 신고, 다음 해의 중간예납은 그 쪽에 있습니다.
- 성실신고 대상 진입 — 보건업은 해당 과세기간의 수입금액 합계액이 5억원 이상이면 성실신고확인대상사업자입니다. 확인을 받는 절차와 기한은 그 쪽에 있습니다.
- 직원이 늘 때 — 직원이 처음 생기거나 늘 때 새로 생기는 신고와 의무는 아래 '직원이 늘 때'에 있습니다.
- 맡긴 곳을 바꿀 때 — 장부와 증거서류를 작성해 갖춰 둘 의무는 납세자인 원장님에게 있습니다. 넘겨받을 자료와 절차는 그 쪽에 있습니다.
- 공동개원·동업 — 공동사업은 공동사업장을 한 거주자로 보아 사업장별로 소득금액을 계산합니다. 손익분배와 공동사업자 등록·연대납세는 그 쪽에 있습니다.
- 분원·확장 — 의료법의 개설 제한과 이전 때의 신고는 아래 '분원·확장'에 있습니다.
- 세무조사·소명 안내 — 세무조사 사전통지와 결과를 다투는 기한, 경정청구는 세무조사와 경정청구 쪽에 있습니다.
- 병원 인수 — 포괄 사업양도, 권리금 원천징수, 양수인이 이어받는 세금과 업무정지 처분은 그 쪽에 있습니다.
- 병원 양도·폐업 — 의료기관 폐업 신고와 세무 신고는 아래 '병원 양도·폐업'에 있습니다.
- 은퇴·승계 — 가업상속공제를 받는 업종을 정한 시행령 별표에 의료법에 따른 의료기관을 운영하는 사업이 들어 있습니다. 업종은 요건 가운데 하나이고, 나머지 요건은 가업승계 쪽에 있습니다.
봉직의일 때
근로를 제공하고 받는 봉급·급료·상여·수당 같은 급여는 근로소득입니다. 봉직의가 받는 대가가 근로소득인지 사업소득인지는 이 쪽에서 판단하지 않습니다. 아래에는 근로소득으로 받는 경우를 적었습니다.
- 연말정산은 병원(원천징수의무자)이 다음 해 2월분 급여를 지급할 때 하고, 중간에 퇴직하면 퇴직하는 달의 급여를 지급할 때 합니다.
- 근로소득만 있으면 종합소득세 확정신고를 하지 않을 수 있습니다. 병원이 연말정산으로 원천징수하지 않았으면 이 예외가 적용되지 않습니다.
- 두 곳 이상에서 근로소득을 받으면 주된 근무지를 정하고, 종된 근무지의 원천징수영수증을 다음 해 2월분 급여를 받기 전에 주된 근무지에 내어 합쳐서 연말정산할 수 있습니다. 이렇게 정산해 확정신고로 낼 세액이 없으면 확정신고를 하지 않을 수 있고, 그렇지 않으면 확정신고를 합니다.
- 개원한 해처럼 근로소득 말고 다른 종합소득(사업소득 등)도 있으면 다음 해 5월 1일부터 5월 31일까지 종합소득세를 신고합니다. 성실신고확인 대상이면 기한이 다릅니다(성실신고 기한).
개원을 준비한다면 개원 준비 쪽으로 이어집니다.
직원이 늘 때
직원에게 매달 급여를 줄 때는 근로소득 간이세액표에 따라 소득세를 떼어 냅니다(원천징수). 매달·매년 돌아오는 원천세·지급명세서·보험 신고 기한은 경리 아웃소싱 쪽에 모았습니다. 여기에는 직원이 처음 생기거나 늘 때 새로 생기는 일만 적었습니다.
근로자를 1명 이상 쓰는 사업장은 국민연금 당연적용사업장입니다. 건강보험·고용보험의 적용 범위와 직원 한 사람이 가입 대상인지는 경리 아웃소싱에 있습니다. 처음 직원을 두면 아래 사업장 단위의 신고를 합니다.
| 처음 직원을 둘 때의 신고 | 기한 |
|---|---|
| 건강보험 적용대상사업장 신고 | 적용대상사업장이 된 때부터 14일 이내 |
| 고용보험·산재보험 보험관계 성립신고 | 보험관계가 성립한 날부터 14일 이내 |
| 국민연금 당연적용사업장 해당신고 | 해당하게 된 날이 속하는 달의 다음 달 15일까지 |
상시 근로자 수에 따라 적용되는 규정이 달라집니다.
| 상시 근로자 수 | 달라지는 것 |
|---|---|
| 상시 4명 이하 | 근로조건 서면 명시, 해고 예고, 퇴직 때 금품 청산, 근로자 명부·서류 보존, 임금 지급과 임금대장·임금명세서 규정은 이 사업장에도 적용됩니다. 근로시간·휴식 규정 가운데는 휴게와 주휴일 규정 등만 적용됩니다. |
| 상시 5명 이상 | 근로기준법이 적용됩니다(동거하는 친족만 쓰는 사업장은 제외). |
| 상시 10명 이상 | 취업규칙을 작성해 고용노동부장관에게 신고하고, 바꿀 때도 신고합니다. |
근로기준법의 상시 근로자 수는 법 적용 사유가 생긴 날 전 1개월 동안 쓴 근로자의 연인원을 같은 기간의 가동 일수로 나누어 셉니다. 기간제·단시간 근로자도 넣고 파견근로자는 뺍니다.
직원을 쓰면 퇴직급여제도를 하나 이상 설정해야 합니다. 계속근로기간이 1년 미만인 근로자와 4주간 평균 1주 소정근로시간이 15시간 미만인 근로자는 제외합니다.
분원·확장
의료인은 어떤 명목으로도 둘 이상의 의료기관을 개설·운영할 수 없습니다. 둘 이상의 의료인 면허를 가진 사람이 의원급 의료기관을 열 때만 한 장소에 한해 면허 종류에 따른 의료기관을 함께 열 수 있습니다. 다른 의료인이나 의료법인 등의 명의로 의료기관을 열거나 운영할 수도 없습니다.
- 둘 이상의 의료기관을 개설·운영하지 못하게 한 규정을 어기면 5년 이하의 징역이나 5천만원 이하의 벌금에 처합니다.
- 다른 의료인 등의 명의로 열거나 둘 이상의 의료기관을 열면 보건복지부장관이나 시장·군수·구청장은 1년의 범위에서 의료업 정지, 개설 허가 취소, 의료기관 폐쇄를 명할 수 있습니다.
- 계획한 분원·확장이 이 규정에 걸리는지는 관할 보건소에 확인합니다.
같은 의원을 다른 곳으로 옮길 때 하는 신고와 처리입니다.
- 의원을 다른 장소로 옮기거나 보건복지부령으로 정한 중요 신고사항을 바꿀 때도 개설할 때와 같이 시장·군수·구청장에게 신고합니다. 이 변경신고를 하지 않으면 100만원 이하의 과태료 대상입니다.
- 사업장을 옮기면 지체 없이 사업자등록 정정신고서를 세무서에 냅니다.
- 요양급여비용 증감에 관련된 시설·장비·인력 신고 내용이 바뀌면 바뀐 날부터 15일 이내에 건강보험심사평가원에 신고합니다.
- 사업장을 옮기거나 사업을 그만두면서 임대차계약에 따라 원상회복을 위해 시설물을 철거하면, 그 자산의 장부가액과 처분가액의 차액을 그 과세기간의 필요경비에 넣을 수 있습니다.
병원 양도·폐업
의료기관으로서 하는 신고입니다.
- 의료업을 그만두거나 1개월 이상 쉬려면 관할 시장·군수·구청장에게 폐업·휴업 신고를 합니다. 입원 환자가 있으면 그보다 짧게 쉬어도 신고합니다.
- 신고예정일 14일 전까지 환자와 보호자가 쉽게 볼 수 있는 곳과 홈페이지(운영하는 경우)에 안내문을 게시하고, 입원 환자에게는 신고예정일 30일 전까지 직접 알립니다.
- 폐업·휴업 신고 때 진료기록부등의 수량과 목록을 확인해 관할 보건소장에게 넘기고, 보관계획서를 내 허가를 받으면 직접 보관할 수 있습니다.
- 폐업·휴업 신고를 하지 않거나 진료기록부등을 넘기지 않으면 100만원 이하의 과태료 대상입니다.
사업자로서 하는 신고입니다.
- 세무서에도 폐업 사실을 지체 없이 신고합니다.
- 과세 진료를 함께 해 부가가치세를 신고하는 병의원은 폐업일이 속한 달의 다음 달 25일 이내에 부가가치세를 신고합니다.
- 사업장 현황신고는 폐업한 해에도 같은 기한에 합니다. 기한은 사업장 현황신고 기한에 있습니다.
- 성실신고확인 대상이 아니면 폐업한 해의 소득도 다음 해 5월 1일부터 5월 31일까지 종합소득세로 신고합니다.
- 직원이 있었다면 고용보험·산재보험 보험관계가 소멸한 날부터 14일 이내에 소멸신고를 합니다.
병원을 넘기며 주고받는 권리금을 소득세법이 어느 소득으로 나누는지와 원천징수는 병원 인수 쪽에 있습니다.
병원의 돈
돈마다 법령에 적힌 기준입니다. 과세 진료는 과세 대상인가요와 피부과·성형외과, 현금영수증은 얼마부터 발급하나요, 건강보험 청구는 청구와 이의신청에 따로 적었습니다.
| 돈 | 법령에 적힌 기준 |
|---|---|
| 급여 매출(건강보험 적용 진료) | 환자는 본인일부부담금을 병의원에 내고, 병의원은 요양급여·비급여 외에 입원보증금 같은 다른 명목으로 비용을 청구하지 못합니다. 의원·치과의원·한의원 외래진료 일반환자의 본인일부부담금은 요양급여비용 총액의 30/100입니다(임신부·영유아·65세 이상 등은 따로 정함). |
| 비급여 매출 | 비급여 진료비용은 환자나 보호자가 쉽게 알 수 있게 고지하고, 고지한 금액을 넘겨 받지 못합니다. 비급여 진료비용 등은 반기마다 보건복지부장관에게 보고합니다(고시로 횟수를 달리 정할 수 있음). |
| 과세 매출 | 면세와 과세를 가르는 기준은 과세 대상인가요에, 세율·매입세액 안분·신고 기한은 피부과·성형외과 쪽에 있습니다. |
| 원천징수되는 수입 | 부가가치세법이 면세로 정한 의료보건 용역의 공급에서 생기는 소득은 원천징수대상 사업소득입니다(시행령이 정한 소득은 제외). 원천징수는 그 소득을 지급하는 사업자·법인·국가·지방자치단체 등이 합니다. 그 원천징수세율은 100분의 3입니다. 소득세를 원천징수할 때는 그 소득세의 100분의 10을 개인지방소득세로 함께 특별징수합니다. |
| 인건비 | 퇴직금제도는 계속근로기간 1년에 30일분 이상의 평균임금을 지급할 수 있게 설정합니다. 직원을 둘 때의 신고는 위 '직원이 늘 때'에 있습니다. |
| 사업용계좌 | 복식부기의무자는 금융회사를 거치는 사업 거래 대금과 인건비·임차료를 주고받을 때 사업용계좌를 씁니다. 써야 하는 거래에 쓰지 않으면 그 금액의 1천분의 2가 가산세입니다. 사업용계좌 신고 기한은 개원 준비 쪽에 있습니다. |
| 지출 증빙 | 사업자에게 대가를 지출하면 계산서·세금계산서·신용카드매출전표·현금영수증 가운데 하나를 받습니다. 건당 3만원 이하(부가가치세 포함)는 이 의무에서 빠집니다. 증명서류는 확정신고기간 종료일부터 5년간 보관합니다. |
| 원장 개인 자산 | 사업용 자산 합계액이 부채 합계액에 미달하면, 그 미달 금액에 해당하는 부채의 이자는 필요경비에 넣지 않는 가사 관련 경비입니다. 원장님 개인의 종합소득세·양도소득세·상속세·증여세는 개인·자산 세금 쪽에 있습니다. |
차량(업무용 승용차)
- 복식부기의무자인 병의원은 업무용승용차 관련 비용(감가상각비·임차료·유류비 등) 가운데 업무용 사용금액이 아닌 금액을 필요경비에 넣지 않습니다.
- 업무용승용차의 감가상각비는 정액법, 내용연수 5년으로 계산합니다.
- 차 한 대의 연간 감가상각비(빌린 차는 임차료 가운데 감가상각비 상당액)가 800만원을 넘으면 넘는 금액은 그 과세기간에 넣지 않고 이월해 넣습니다. 한 해 중 일부만 보유·임차했으면 그 기간에 맞춰 줄인 금액이 기준입니다.
- 업무전용자동차보험에 들지 않으면 1대는 업무사용비율금액을 인정하지만, 1대를 넘는 차는 업무사용비율금액의 100분의 0만 업무용 사용금액으로 봅니다(공동사업장은 한 사업자로 봅니다).
병의원 진료도 부가가치세 과세 대상인가요?
의사·치과의사·한의사의 진료는 부가가치세가 면제되는 것이 원칙입니다. 건강보험 요양급여 대상에서 빠지는 진료 가운데 시행령에 열거된 진료만 면세에서 제외되어 과세됩니다.
요양급여 대상에서 빠진 진료(비급여)라도 시행령에 열거되지 않았으면 면세입니다. 한의원의 과세·면세 구분은 한의원 쪽에 있습니다.
과세 진료가 생겼을 때의 세율, 사업자등록 정정, 매입세액 안분, 부가가치세 신고 기한과 예정고지는 피부과·성형외과 쪽에 모았습니다. 치과의 과세 진료는 치과 쪽에 있습니다.
현금영수증은 얼마부터 꼭 발급해야 하나요?
병의원은 현금영수증 의무발행업종입니다. 건당 거래금액(부가가치세액 포함)이 10만원 이상인 진료비 등을 현금으로 받으면 환자가 요청하지 않아도 현금영수증을 발급해야 합니다.
- 환자가 요청하지 않은 현금영수증은 현금을 받은 날부터 5일 이내에 무기명으로 발급할 수 있습니다.
- 환자가 현금으로 낸 뒤 발급을 요청하면 건당 1원 이상의 거래는 거부하거나 사실과 다르게 발급하지 못합니다.
- 의무발행 대상인데 발급하지 않으면 미발급금액의 100분의 20이 가산세이고, 착오나 누락으로 대금을 받은 날부터 10일 이내에 자진 신고하거나 자진 발급하면 100분의 10입니다. 국민건강보험법에 따른 보험급여, 의료급여법에 따른 의료급여 등은 이 가산세에서 제외됩니다. 환자가 현금으로 낸 본인부담금이 이 제외에 드는지는 이 쪽에서 판단하지 않습니다.
건강보험 청구분은 어떻게 받고, 결과에 이의가 있으면 어떻게 하나요?
병의원이 건강보험심사평가원에 요양급여비용 심사청구를 하면, 심사평가원이 심사해 알린 내용에 따라 국민건강보험공단이 비용을 지급합니다.
- 심사평가원은 심사청구를 받은 날부터 40일(정보통신망으로 통보하면 15일) 이내에 심사 결과를 공단과 병의원에 보내고, 공단은 통보서를 받으면 지체 없이 지급합니다.
- 심사평가원의 요양급여비용 처분에 이의가 있으면 처분이 있음을 안 날부터 90일 이내에 심사평가원에 문서로 이의신청을 합니다. 처분이 있은 날부터 180일을 지나면 이의신청을 하지 못합니다(정당한 사유로 그 기간에 하지 못했음을 소명하면 예외).
- 심사평가원은 이의신청을 받은 날부터 60일 이내에 결정하고, 부득이하면 30일의 범위에서 늘릴 수 있습니다.
- 그 결정에 불복하면 건강보험분쟁조정위원회에 심판청구를 할 수 있고, 청구 기간과 방법은 이의신청과 같습니다.
병의원 사업장 현황신고는 언제까지 하나요?
면세 진료만 하는 개인 병의원은 한 해의 사업장 현황을 다음 해 2월 10일까지 사업장 관할 세무서에 신고합니다. 그해에 폐업하거나 휴업했어도 같습니다.
- 과세 진료와 면세 진료를 함께 하는 병의원이 부가가치세 신고 때 면세 수입금액 등을 신고하면, 그 면세 부분은 사업장 현황신고를 한 것으로 봅니다.
- 매출·매입처별 계산서합계표와, 세금계산서를 발급받았다면 매입처별 세금계산서합계표도 사업장 현황신고 기한까지 냅니다. 전자계산서를 주고받아 발급명세가 국세청에 전송된 분은 계산서합계표를 내지 않을 수 있습니다.
- 기한이 토요일·일요일·공휴일·대체공휴일·노동절이면 그다음 날이 기한입니다.
- 한 해 동안 달마다 챙길 신고·납부 기한은 신고·납부 달력에 모았습니다.
사업장 현황신고를 하지 않으면 어떻게 되나요?
의료업 사업자가 사업장 현황신고를 하지 않거나 수입금액을 적게 신고하면, 신고하지 않았거나 적게 신고한 수입금액의 1천분의 5가 가산세입니다.
- 종합소득 산출세액이 없는 해에도 이 가산세는 적용됩니다.
- 계산서합계표를 내지 않으면 공급가액의 1천분의 5가, 제출기한이 지난 뒤 1개월 이내에 내면 1천분의 3이 가산세입니다(그해 새로 개업한 사업자 등 시행령이 정한 소규모사업자는 제외).
- 종합소득세를 적게 신고하면 과소신고납부세액의 100분의 10이, 부정행위로 인한 부분은 100분의 40이 과소신고가산세입니다.
진료과
따로 쪽이 있는 진료과는 한의원, 내과, 치과, 피부과·성형외과입니다. 과별 돈의 흐름과 자주 틀리는 처리는 그 쪽에 있습니다.
다른 진료과도 아래는 진료과와 관계없이 같습니다.
- 의료업 사업자는 수입금액 규모나 개업 시기와 관계없이 복식부기의무자입니다. 장부는 기장 쪽에 있습니다.
- 국세청 안내의 현금영수증 의무발행업종에는 일반의원(내과·소아청소년과·정형외과·정신건강의학과·피부과·안과·이비인후과·산부인과·성형외과 등)과 기타의원(가정의학과 등), 치과의원, 한의원, 요양병원이 들어 있습니다.
- 과세·면세 구분, 요양급여 청구·이의신청, 사업장 현황신고는 위 질문 블록과 같습니다.
병의원 세무·회계는 누구에게 맡기나요?
맡길 일을 먼저 나누고, 일마다 그 일을 할 수 있는 자격이 있는지 확인합니다. 법이 할 수 있는 자를 정해 둔 일도 있습니다.
성실신고확인을 할 수 있는 자는 성실신고 대상 진입 쪽에, 세무사와 공인회계사의 업무 범위는 세무사와 공인회계사 쪽에 법령 근거와 함께 있습니다.
세무회계 피아크는 공인회계사가 운영하는 세무회계 사무소입니다. 수행 업무는 기장·경리 아웃소싱·회계·세무자문 등이고, 병의원 거래 진료과는 한의원·내과입니다. 업무 전체는 업무 목록에 있습니다.
상담은 상담 남기기나 전화 02-2135-9133로 받습니다(상담 신청 후 하루 안 회신).
자주 묻는 질문
사업장 현황신고는 누가 하나요?
국세청 안내에 따르면 부가가치세가 면세되는 개인사업자는 직전 해의 연간 수입금액과 사업장 현황을 사업장 관할 세무서에 신고하고, 병·의원, 치과, 한의원 등 의료업자가 대상으로 열거되어 있습니다. 신고 기한과 과세 진료를 함께 할 때의 처리는 언제까지 하나요에 있습니다.
건강보험 청구분은 언제 수입으로 잡나요?
소득세에서 수입의 귀속연도는 그 수입이 확정된 날이 속하는 과세기간입니다. 사업소득의 수입시기는 시행령이 호별로 정하지만, 건강보험 청구분·삭감분·환수분에 어느 호가 적용되는지는 조문에 글자가 없습니다. 여기서는 판단하지 않고, 심사 결과 통보와 지급 내역을 함께 보고 확인합니다.
업무용 승용차 운행기록을 쓰지 않으면 어떻게 되나요?
운행기록을 작성·비치하지 않은 업무용승용차는 관련비용이 1천5백만원 이하이면 업무사용비율을 100분의 100으로, 1천5백만원을 초과하면 1천5백만원을 관련비용으로 나눈 비율로 봅니다. 한 해 중 일부만 보유·임차했으면 그 기간에 맞춰 줄인 금액이 기준입니다. 운행기록과는 별도로, 종합소득세 신고 때 업무용승용차 관련 비용 명세서를 내지 않으면 필요경비에 넣은 금액의 100분의 1이 가산세입니다.
건강보험 청구 서류와 진료기록은 얼마나 보관하나요?
요양급여비용 청구에 관한 서류는 요양급여가 끝난 날부터 5년간 보존합니다. 진료기록부와 수술기록은 10년 동안 보존합니다. 세법상 장부와 증빙의 보존 기간은 이와 따로 정해져 있고, 맡긴 곳을 바꿀 때 쪽에 있습니다.