검수 전 초안

한의원 진료는 면세가 원칙이고, 시행령에 열거된 비급여 진료는 과세됩니다

한의사가 제공하는 진료는 부가가치세 면세가 원칙이지만, 요양급여에서 빠지면서 시행령에 열거된 진료는 과세됩니다. 건강보험·자동차보험 청구 흐름과 한의원이 챙길 신고 기한을 원문 기준으로 적었습니다.

핵심 사실

  • 한의사가 제공하는 용역은 면세 대상이지만, 요양급여 대상에서 제외되는 진료 가운데 탈모치료술·피부미백술처럼 시행령에 열거된 진료용역은 면세에서 제외됩니다.
  • 부가가치세가 면세되는 개인사업자는 사업장 현황신고를 하고, 국세청 안내는 그 대상자에 한의원을 열거합니다. 기한은 해당 과세기간의 다음 연도 2월 10일까지입니다.
  • 한의원은 현금영수증 의무발행업종이라, 건당 거래금액(부가가치세액 포함)이 10만원 이상인 진료비를 현금으로 받으면 환자가 요청하지 않아도 현금영수증을 발급해야 합니다.

한의원의 돈은 어디서 들어오나요

한의원 수입은 누가 돈을 내느냐에 따라 나눠 볼 수 있습니다. 갈래마다 청구하는 곳과 지켜야 할 것이 다릅니다.

갈래 받는 길·지킬 것 함께 볼 곳
건강보험 진료(요양급여) 환자는 본인일부부담금을 한의원에 내고, 한의원이 건강보험심사평가원(심평원)에 심사청구를 하면 심사 내용에 따라 국민건강보험공단이 지급 환자가 내는 몫
첩약 건강보험 시범사업 시범사업 참여기관을 통해 건강보험 적용을 받을 수 있음(2024년 4월 발표 기준) 환자가 내는 몫
교통사고 환자(자동차보험) 보험회사등이 지급 의사 유무와 지급 한도를 알리고, 통지받은 의료기관이 자동차보험진료수가를 청구 아래 자동차보험 절
비급여 진료 비급여 진료비용을 환자가 쉽게 알 수 있게 고지하고, 항목과 가격을 적은 책자 등을 접수창구 등에 갖춤 놓치면 생기는 일

부가가치세 과세·면세는 이 갈래만으로 정해지지 않습니다. 한의사가 제공하는 용역도 부가가치세 면세 대상입니다. 다만 요양급여 대상에서 제외되는 진료 가운데 탈모치료술·지방융해술·피부재생술·피부미백술·항노화치료술처럼 부가가치세법 시행령 제35조 제1호 각 목에 열거된 진료용역은 면세에서 제외됩니다.

면세에서 빠지는 것은 요양급여의 대상에서 제외되고, 동시에 시행령 각 목에 열거된 진료용역입니다. 비급여라는 사실만으로 과세되지는 않습니다. 첩약·추나·약침 같은 이름은 시행령 각 목에 없습니다.

국세청 회신도 한의사의 용역은 면세하되 요양급여 대상에서 제외되는 각 목의 진료용역은 과세한다고 답하면서, 이에 해당하는지는 시술이나 수술의 목적 등 사실관계를 종합해 판단할 사항이라고 했습니다. 회신은 질의한 그 사안에 대한 답이므로, 진료마다 목적과 내용을 놓고 따로 확인합니다. 이 쪽에서는 진료 이름별로 과세·면세를 나누지 않습니다.

과세 진료와 면세 진료를 함께 하면 매입세액도 나눕니다. 실제로 어느 사업에 쓰였는지(실지귀속)에 따라 나누고, 나눌 수 없는 공통매입세액은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 시행령이 정한 기준으로 나눕니다(안분).

자동차보험 진료수가

보험회사등이 심사 업무를 건강보험심사평가원에 위탁한 경우에는 한의원이 심평원에 자동차보험진료수가를 청구하고, 심평원은 청구받은 사실을 보험회사등에 알립니다. 청구는 국토교통부장관이 고시한 기준에 따라 진료기록부의 진료기록대로 합니다. 수가의 세부 기준은 그 고시에 있어 이 쪽에는 싣지 않습니다.

심평원은 청구받은 날부터 15일 이내에 한의원과 보험회사등에 심사결과를 알려야 합니다. 보험회사등은 청구받으면 30일 이내에 지급해야 하고, 심사를 전문심사기관에 위탁한 경우에는 전문심사기관이 심사결과를 통지한 날부터 14일 이내에 심사결과에 따라 지급해야 합니다. 두 기한은 각각 심평원과 보험회사등의 의무이고, 더해서 입금 날짜로 읽지 않습니다. 이의 절차는 자주 묻는 질문에 적었습니다.

한의원이 놓치기 쉬운 의무

이 절과 아래 의도 블록의 세법 의무·가산세는 개인사업자인 한의원 기준입니다. 의료법·건강보험 쪽 의무는 의료기관 개설자나 요양기관에 걸립니다.

면세 수입의 사업장 현황신고. 국세청 안내는 부가가치세가 면세되는 개인사업자가 직전년도 연간 수입금액과 사업장현황을 관할 세무서에 신고해야 한다고 하면서, 대상자에 한의원을 열거합니다. 매출·매입처별 계산서합계표도 사업장 현황신고 기한까지 냅니다. 전자계산서를 주고받아 발급명세가 국세청에 전송된 분은 내지 않을 수 있습니다. 기한은 기한 표에 모았습니다.

현금영수증가맹점 가입과 발급. 의료업 사업자는 현금영수증가맹점 가입 대상입니다. 한의원은 현금영수증 의무발행업종입니다. 새로 개업할 때의 가입 기한은 개원 준비 쪽에, 꼭 발급해야 하는 금액 기준과 발급 방법은 병의원 쪽에 있습니다.

비급여 진료비 보고. 의료기관의 장은 비급여 진료비용과 제증명수수료의 항목·기준·금액·진료내역 등을 보건복지부장관에게 반기마다 보고해야 하고, 의료기관별·항목별 보고 횟수는 보건복지부장관 고시로 달리 정할 수 있습니다. 의원급의 실제 보고 시기와 항목은 고시를 따로 확인합니다.

연말정산 의료비 자료 제출. 의료비 증명서류를 발급하는 기관은 그 서류를 국세청장 또는 자료집중기관에 내야 하고, 제출기한은 국세청 고시 기준으로 매년 1월 7일입니다. 국세청장이 기한을 따로 정하면 해당 연도 11월 말까지 공지합니다. 해마다 국세청 공지를 확인합니다.

장부 방식. 의료업 사업자는 간편장부대상자가 되는 사업자에서 제외됩니다. 장부 의무는 기장 쪽에 정리했습니다.

단계마다 무엇을 하나요

  • 개원할 때. 의료법상 한의사는 한방병원·요양병원 또는 한의원을 개설할 수 있습니다. 사업자등록과 개설신고, 개업 전 지출, 현금영수증가맹점 가입은 개원 준비 쪽에 있습니다.
  • 개원 첫해. 첫 사업장 현황신고와 종합소득세, 중간예납은 개원 첫해 쪽에 있습니다.
  • 해마다. 의료비 자료 제출, 사업장 현황신고, 종합소득세 신고가 차례로 옵니다. 기한은 기한 표에 있습니다.
  • 수입이 늘 때. 성실신고확인 기준과 기한은 성실신고 대상 진입 쪽에 있고, 한의원에 대는 기준은 대상인가요에 적었습니다.
  • 맡긴 곳을 바꿀 때. 넘겨받을 장부와 증빙, 보존 의무는 맡긴 곳을 바꿀 때 쪽에서 봅니다.
  • 함께 열거나 인수할 때. 공동개원·동업, 병원 인수 쪽에서 봅니다.
  • 직원이 늘 때나 분원·양도를 생각할 때. 병의원 쪽에 개요가 있습니다.

피아크가 하는 일

세무회계 피아크는 공인회계사가 운영하는 세무회계 사무소입니다. 병의원 가운데 거래하는 진료과는 한의원과 내과입니다. 사무소가 수행하는 업무 가운데 한의원 운영과 바로 닿는 일은 아래 셋입니다.

  • 기장: 장부를 적고 재무제표를 만듭니다.
  • 경리 아웃소싱: 입출금 관리, 채권채무 잔액 관리 같은 경리 업무를 맡습니다.
  • 회계·세무자문: 회계 처리를 정할 때 생기는 질문에 답합니다.

정상원 대표 공인회계사가 감사와 회계자문을 한 곳은 삼정회계법인 금융감사본부, 삼일회계법인 감사본부·Valuation 전담팀입니다. 물어보시면 상담 신청 후 하루 안 회신을 기준으로 답합니다.

한의원 진료비 가운데 환자가 내는 몫은 얼마인가요?

한의원 외래진료에서 일반환자의 본인일부부담금은 요양급여비용 총액의 30/100입니다. 임신부 외래진료는 10/100, 1세 미만 영유아 외래진료는 5/100입니다.

65세 이상인 가입자·피부양자가 한의원에서 외래진료로 요양급여를 받을 때 요양급여비용 총액이 15,000원을 넘지 않으면 본인부담액은 1,500원입니다. 이 비율은 건강보험이 적용되는 진료의 일반환자 기준입니다. 아동·희귀난치성질환자 등 별표 제3호와 비고가 따로 정한 경우는 그에 따르고, 비급여 진료비에는 해당하지 않습니다.

보건복지부 보도자료(2024년 4월 28일)에 따르면 첩약 건강보험 적용 2단계 시범사업은 2024년 4월 29일부터 2026년 12월 31일까지 시행하며, 대상 질환은 월경통, 안면신경마비, 뇌혈관질환 후유증, 알레르기 비염, 기능성 소화불량, 요추추간판탈출증의 6개입니다.

  • 같은 보도자료(2024년 4월 28일)에 따르면 환자 본인부담률은 한의원 30%, 한방병원·병원 40%, 종합병원 50%이고, 건강보험 적용은 시범사업 참여기관을 통해 받을 수 있습니다.
  • 환자 1인당 연간 2개 질환에 대해 각각 20일분까지 건강보험이 적용되고, 질환별로 연간 20일을 넘으면 건강보험 수가로 적용되나 전액 본인부담(100/100)입니다.

이 숫자는 2024년 4월 발표 기준입니다. 시범사업 기간이 끝난 뒤의 기준은 보건복지부 발표로 다시 확인할 사항입니다. 첩약의 부가가치세 과세·면세는 이 보도자료에 없습니다.

한의원도 성실신고확인 대상이 되나요?

해당 과세기간 수입금액이 기준 이상이면 대상입니다. 보건업(병의원)은 해당 과세기간의 수입금액 합계액이 5억원 이상이면 성실신고확인대상사업자입니다.

확인서와 기한, 가산세는 성실신고 대상 진입 쪽에 있습니다.

한의원에 붙는 기준은 이 밖에도 있습니다.

  • 한의사업을 경영하는 사업자는 간이과세자로 보지 않는 사업자에 해당합니다.
  • 한의원은 해당 과세연도 수입금액에서 국민건강보험법 제47조에 따라 지급받는 요양급여비용이 차지하는 비율이 100분의 80 이상이고, 해당 과세연도 종합소득금액이 1억원 이하인 경우에 한정해 중소기업 특별세액감면의 감면 업종(의료업)에 해당합니다. 이 감면은 2028년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 적용됩니다. 업종 요건만 적은 것이고, 감면 여부는 다른 요건과 함께 확인할 사항입니다.

한의원 첩약·추나 수입은 어떻게 신고하나요?

첩약·추나 수입도 진료마다 부가가치세 면세인지 과세인지를 먼저 가르고, 면세 수입은 사업장 현황신고로, 과세 수입은 부가가치세 신고로 냅니다.

  1. 진료마다 요양급여 대상에서 제외되는지, 그리고 시행령 각 목에 열거된 진료인지를 함께 봅니다. 두 조건을 모두 채운 진료가 면세에서 제외됩니다.
  2. 면세 수입은 사업장 현황신고로 냅니다. 과세 진료를 함께 해서 부가가치세 신고 때 면세사업 수입금액 등을 신고하면, 그 면세사업은 사업장 현황신고를 한 것으로 봅니다.
  3. 과세 수입이 있는 일반과세자 개인사업자는 제1기(1.1~6.30.)분을 7.1.~7.25.에, 제2기(7.1~12.31.)분을 다음해 1.1.~1.25.에 확정신고·납부합니다.
  4. 그해 사업소득은 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 종합소득세 확정신고로 신고합니다. 성실신고확인서를 내는 경우에는 기한이 다릅니다.

한의원 사업장 현황신고는 언제까지 하나요?

사업장 현황신고는 해당 과세기간의 다음 연도 2월 10일까지 사업장 소재지 관할 세무서장에게 합니다.

한의원이 해마다 챙길 다른 기한은 아래 표와 같습니다.

할 일 기한 내는 곳
의료비 증명서류 제출(연말정산용) 고시 기준 매년 1월 7일(국세청장이 따로 정하면 해당 연도 11월 말까지 공지) 국세청장 또는 자료집중기관
종합소득세 확정신고 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 납세지 관할 세무서장
종합소득세 확정신고(성실신고확인서를 내는 경우) 다음 연도 5월 1일부터 6월 30일까지 납세지 관할 세무서장

세법의 신고·납부 기한이 토요일·일요일, 공휴일·대체공휴일, 노동절이면 그 다음날이 기한입니다. 이 규정은 세법 기한에만 적용되므로 의료법이나 자동차보험 쪽 기한에 그대로 대지 않습니다. 의료비 자료 제출 기한이 휴일인 해의 처리는 고시에 적혀 있지 않아, 그해 국세청 공지를 확인합니다.

한의원이 현황신고나 현금영수증을 놓치면 어떻게 되나요?

의료업 사업자가 사업장 현황신고를 하지 않거나 수입금액을 미달하게 신고하면, 신고하지 않은 수입금액 또는 미달하게 신고한 수입금액의 1천분의 5가 가산세입니다.

  • 발급해야 할 현금영수증을 발급하지 않으면 미발급금액의 100분의 20이 가산세이고, 착오나 누락으로 대금을 받은 날부터 10일 이내에 자진 신고하거나 자진 발급하면 100분의 10입니다.
  • 국민건강보험법에 따른 보험급여, 의료급여법에 따른 의료급여 등은 이 미발급 가산세에서 제외됩니다. 어느 진료비가 여기에 드는지는 따로 확인할 사항입니다.
  • 국세청 안내에 따르면 현금영수증가맹점에 가입하지 않으면 가입하지 않은 기간의 소비자상대업종 수입금액의 1%가 가산세입니다.
  • 비급여 진료비용 등을 보고하지 않거나 거짓으로 보고하면 200만원 이하의 과태료 대상입니다.
  • 비급여 진료비용 고지 의무를 어기면 보건복지부장관 또는 시장·군수·구청장이 기간을 정해 시정하도록 명할 수 있습니다.

한의원 세무는 누구에게 맡기나요?

회계에 관한 감사·증명·계산·정리는 공인회계사의 직무입니다. 신고 대리 같은 세무대리는 세무사법이 정한 등록을 한 사람 등만 할 수 있습니다. 맡길 일이 무엇인지와 그 일을 할 수 있는 등록을 함께 확인합니다.

성실신고확인을 할 수 있는 자는 세무사(세무사법 제20조의2에 따라 등록한 공인회계사 포함), 세무법인, 회계법인입니다. 자격별 업무 범위는 세무사와 공인회계사 쪽에서 법령 그대로 비교합니다.

맡긴 곳을 바꿀 때 넘겨받을 장부와 증빙은 맡긴 곳을 바꿀 때 쪽에 있습니다.

자주 묻는 질문

한의원의 여드름흉터 치료는 부가가치세가 과세되나요?

국세청 회신에 따르면 한의사가 공급하는 여드름흉터 치료 용역이 부가가치세법 시행령 제35조제1호나목의 여드름 치료술에 해당하면 과세되고, 해당 여부는 시술이나 수술의 목적 등 사실관계를 종합해 사실판단할 사항입니다. 회신은 질의한 그 사안에 대한 답이므로, 진료마다 목적과 내용을 놓고 따로 확인합니다.

교통사고 환자에게 한의원 진료비를 직접 받아도 되나요?

보험회사등에 자동차보험진료수가를 청구할 수 있는 경우에는 교통사고 환자(보호자 포함)에게 그 진료비를 청구해서는 안 됩니다. 다만 보험회사등이 지급 의사가 없다고 알리거나 철회한 경우, 보상 대상이 아닌 비용, 알린 지급 한도를 넘는 진료비 등은 환자에게 청구할 수 있습니다.

자동차보험 진료수가 심사결과에 이의가 있으면 언제까지 하나요?

심사결과를 통보받은 날부터 90일 이내에 건강보험심사평가원에 이의제기할 수 있고, 심평원은 이의제기를 받은 날부터 60일 이내에 결과를 알려야 합니다. 그 결과에도 이의가 있으면 이의제기 결과를 통보받은 날부터 30일 이내에 자동차보험진료수가분쟁심의회에 심사를 청구할 수 있고, 그 기간에 청구하지 않으면 기간이 끝나는 날에 의료기관이 지급 청구한 내용이나 심사결과에 합의한 것으로 봅니다. 건강보험 요양급여비용의 이의신청과는 다른 절차입니다.

한의원 홈페이지에도 비급여 가격을 올려야 하나요?

인터넷 홈페이지를 운영하는 의료기관은 비급여 항목·가격과 제증명수수료를 홈페이지에도 따로 표시해야 합니다. 접수창구 등 환자나 보호자가 쉽게 볼 수 있는 곳에는 항목과 가격을 적은 책자 등을 갖추어 둡니다.

출처·기준일

  1. 국민건강보험법 시행령 제19조 제1항·제2항 시행일 확인일 원문 보기
  2. 국민건강보험법 제47조 제1항~제3항 시행일 확인일 원문 보기
  3. 첩약 건강보험 적용 2단계 시범사업으로 국민 의료 보장성과 선택권 확대(보건복지부 보도자료, 2024. 4. 28.) 시행일 확인일 원문 보기
  4. 자동차손해배상 보장법 제12조 제1항~제3항 시행일 확인일 원문 보기
  5. 의료법 제45조 제1항 시행일 확인일 원문 보기
  6. 의료법 시행규칙 제42조의2 제1항 시행일 확인일 원문 보기
  7. 부가가치세법 시행령 제35조 제1호·제1호 나목 시행일 확인일 원문 보기
  8. 부가가치세법 시행령 제35조 제1호 시행일 확인일 원문 보기
  9. 한의사 진료용역의 부가가치세 과세대상 여부(국세청 서면-2017-부가-1908, 2017. 11. 30.) 시행일 확인일 원문 보기
  10. 부가가치세법 제40조 시행일 확인일 원문 보기
  11. 자동차손해배상 보장법 시행규칙 제6조의4 제1항·제2항 시행일 확인일 원문 보기
  12. 자동차손해배상 보장법 시행령 제11조의4 시행일 확인일 원문 보기
  13. 자동차손해배상 보장법 시행규칙 제6조의5 제3항·제4항 시행일 확인일 원문 보기
  14. 자동차손해배상 보장법 제12조 제4항 시행일 확인일 원문 보기
  15. 국세청 사업장현황신고 개요 확인일 원문 보기
  16. 소득세법 시행령 제212조 제1항 시행일 확인일 원문 보기
  17. 소득세법 시행령 제210조의3 제1항 제1호·제2호 시행일 확인일 원문 보기
  18. 현금영수증 발급의무(국세청 국세신고안내) 확인일 원문 보기
  19. 의료법 제45조의2 제1항 시행일 확인일 원문 보기
  20. 의료법 시행규칙 제42조의3 제1항 시행일 확인일 원문 보기
  21. 국세청장이 인터넷을 통하여 제공하는 소득공제 및 세액공제 증명서류에 관한 고시(국세청 고시 제2026-28호) 별표 2 소득공제 및 세액공제 증명서류 제출기한 시행일 확인일 원문 보기
  22. 국세청장이 인터넷을 통하여 제공하는 소득공제 및 세액공제 증명서류에 관한 고시(국세청 고시 제2026-28호) 시행일 확인일 원문 보기
  23. 소득세법 시행령 제208조 제5항 단서 시행일 확인일 원문 보기
  24. 의료법 제33조 제2항 시행일 확인일 원문 보기
  25. 본인일부부담금의 부담률 및 부담액(제19조제1항 관련) 시행일 확인일 원문 보기
  26. 외래진료 등의 요양급여비용 총액에 관한 조건 및 본인부담액(제13조제1항 관련) 시행일 확인일 원문 보기
  27. 첩약 건강보험 적용 2단계 시범사업으로 국민 의료 보장성과 선택권 확대(보건복지부 보도자료, 2024. 4. 28.) 시행일 확인일 원문 보기
  28. 첩약 건강보험 적용 2단계 시범사업으로 국민 의료 보장성과 선택권 확대(보건복지부 보도자료, 2024. 4. 28.) 시행일 확인일 원문 보기
  29. 소득세법 시행령 제133조 제1항 제3호 시행일 확인일 원문 보기
  30. 부가가치세법 시행령 제109조 제2항 제7호 시행일 확인일 원문 보기
  31. 조세특례제한법 제7조 제1항 제1호 허목 시행일 확인일 원문 보기
  32. 조세특례제한법 제7조 제1항 본문 시행일 확인일 원문 보기
  33. 부가가치세법 제49조 제1항 시행일 확인일 원문 보기
  34. 소득세법 제78조 제1항 본문 시행일 확인일 원문 보기
  35. 소득세법 제78조 제1항 제2호 시행일 확인일 원문 보기
  36. 부가가치세 신고납부기한(국세청 국세신고안내) 확인일 원문 보기
  37. 부가가치세 신고납부기한(국세청 국세신고안내) 확인일 원문 보기
  38. 소득세법 제70조 제1항 시행일 확인일 원문 보기
  39. 소득세법 제70조의2 제2항 시행일 확인일 원문 보기
  40. 국세기본법 제5조 제1항 시행일 확인일 원문 보기
  41. 소득세법 제81조의3 제1항 시행일 확인일 원문 보기
  42. 소득세법 제81조의9 제2항 제3호 시행일 확인일 원문 보기
  43. 소득세법 시행령 제147조의4 제2항 시행일 확인일 원문 보기
  44. 현금영수증 가맹점가입(국세청 국세신고안내) 확인일 원문 보기
  45. 의료법 제92조 제2항 제2호 시행일 확인일 원문 보기
  46. 의료법 제63조 제1항 시행일 확인일 원문 보기
  47. 공인회계사법 제2조 시행일 확인일 원문 보기
  48. 세무사법 제20조 제1항 시행일 확인일 원문 보기
  49. 소득세법 시행령 제133조 제3항 시행일 확인일 원문 보기
  50. 소득세법 제162조의3 제4항 본문 시행일 확인일 원문 보기
  51. 여드름흉터 치료 용역을 공급하는 경우 부가가치세가 면제되는지 여부(국세청 서면-2024-법규부가-1255, 2024. 7. 9.) 시행일 확인일 원문 보기
  52. 자동차손해배상 보장법 제12조 제5항 시행일 확인일 원문 보기
  53. 자동차손해배상 보장법 시행규칙 제6조의7 제1항·제2항 시행일 확인일 원문 보기
  54. 자동차손해배상 보장법 제19조 제1항·제3항 시행일 확인일 원문 보기
  55. 의료법 시행규칙 제42조의2 제4항 시행일 확인일 원문 보기

사무소 사실 쪽 기준일 2026-11-11 수정일

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