검수 전 초안

내과 의원은 건강보험·검진·예방접종·비급여마다 받는 길이 다릅니다

건강보험 진료비, 검진비, 예방접종비, 비급여 진료비는 받는 길도 지켜야 할 것도 다릅니다. 갈래마다 무엇을 확인하면 되는지 원문 기준으로 적었습니다.

핵심 사실

  • 일반·영유아 건강검진 비용은 검진기관이 건강검진을 마친 날부터 30일 이내에 국민건강보험공단에 청구합니다(암검진은 다른 고시).
  • 사업장 현황신고는 해당 과세기간의 다음 연도 2월 10일까지 사업장 소재지 관할 세무서장에게 합니다.
  • 예방접종업무를 위탁받은 의료기관은 접종 뒤 시장·군수·구청장 등에게 비용 상환을 신청하고, 질병관리청 예방접종통합관리시스템으로 접종 기록 등을 등록·보고합니다.

내과 의원의 돈은 어디서 들어오나요

이 쪽은 내과 의원의 수입을 누가 돈을 내느냐에 따라 네 갈래로 나눠 봅니다. 다만 국가건강검진은 검진기관으로 지정받은 의료기관이, 위탁 예방접종은 시장·군수·구청장 등이 지정해 위탁한 의료기관이 합니다.

갈래 받는 길 함께 볼 곳
건강보험 진료(요양급여) 환자가 본인일부부담금을 내고, 나머지는 심사평가원에 심사청구를 해 심사 결과에 따라 공단이 지급 청구하는 곳
건강검진(일반·영유아) 검진기관으로 지정받은 뒤 검진비용을 국민건강보험공단에 청구 지정 절차
위탁 예방접종 시장·군수·구청장 등의 위탁을 받은 뒤 그곳에 비용 상환 신청 위탁 대상
비급여 진료 비용을 환자나 보호자가 쉽게 알 수 있게 고지하고, 고지·게시한 금액을 넘겨 받지 못함 보고 의무

부가가치세 면세·과세는 이 갈래와 따로 가립니다. 의사가 제공하는 용역은 면세입니다. 요양급여 대상에서 제외되면서 시행령 각 목에 열거된 진료만 면세에서 빠지므로, 비급여라는 이유만으로 과세되지는 않습니다. 내과 진료가 그 열거에 드는지는 이 쪽에서 진료 이름별로 나누지 않습니다. 과세 진료가 생길 때의 등록과 신고는 병의원 쪽에 있습니다.

내과 장부에서 헷갈리기 쉬운 처리는 무엇인가요

원천징수된 세액의 정산. 면세 의료보건 용역을 공급하고 생기는 소득은 원천징수대상 사업소득입니다(시행령이 정한 소득은 제외). 원천징수세율과 개인지방소득세, 누가 원천징수하는지는 병의원 쪽 '병원의 돈' 표에 있습니다. 종합소득세 확정신고 때는 이미 원천징수된 세액과 중간예납세액을 공제하고 냅니다. 공단이나 시·군·구에서 받은 돈 가운데 어느 입금에서 원천징수가 되었는지는 이 쪽에서 단정하지 않습니다. 신고 전에 받은 돈과 원천징수 내역을 맞춰 봅니다.

현금으로 받은 진료비의 현금영수증. 내과를 포함한 일반의원은 현금영수증 의무발행업종입니다. 꼭 발급해야 하는 금액 기준과 발급하지 않았을 때의 가산세는 병의원 쪽에 있습니다.

건강보험 청구분을 어느 해 수입으로 잡는지. 소득세법은 총수입금액이 확정된 날이 속하는 과세기간을 그 수입의 귀속연도로 정합니다. 건강보험 청구분이 진료한 해와 입금된 해 가운데 언제 확정되는지, 삭감된 금액을 어느 해에 반영하는지는 조문에 글자가 없습니다. 해를 넘겨 들어오는 청구분은 결산 때 따로 확인합니다.

단계마다 무엇을 하나요

  • 개원할 때. 사업자등록과 의료기관 개설신고는 개원 준비 쪽에 있습니다. 건강보험 진료비를 처음 청구할 때는 시설·장비·인력 등의 현황을 심사평가원에 신고합니다. 검진기관 지정과 예방접종 위탁은 대상인가요에 적었습니다.
  • 개원 첫해. 첫 사업장 현황신고와 종합소득세, 중간예납은 개원 첫해 쪽에 있습니다.
  • 해마다. 해가 바뀌면 의료비 자료 제출, 사업장 현황신고, 종합소득세 신고 순서로 기한이 옵니다. 날짜는 기한 표에 있습니다.
  • 수입이 늘 때. 보건업(병의원)은 해당 과세기간의 수입금액 합계액이 5억원 이상이면 성실신고확인대상사업자입니다. 확인서와 기한은 성실신고 대상 진입 쪽에 있습니다.
  • 지정·신고한 사항이 바뀔 때. 검진기관의 명칭·개설자·소재지나 검진 인력·시설·장비가 바뀌면 국민건강보험공단에, 심사평가원에 신고한 현황 가운데 요양급여비용의 증감에 관련된 사항이 바뀌면 심사평가원에 변경 신고를 합니다. 기한은 기한 표에 있습니다.
  • 맡긴 곳을 바꿀 때. 넘겨받을 장부와 증빙은 맡긴 곳을 바꿀 때 쪽에서 봅니다.
  • 함께 열거나 인수할 때. 공동개원·동업, 병원 인수 쪽에서 봅니다.

피아크가 하는 일

세무회계 피아크는 공인회계사가 운영하는 세무회계 사무소입니다. 병의원 가운데 거래하는 곳은 한의원과 내과입니다. 내과 의원의 장부와 경리에 닿는 업무는 아래와 같습니다.

  • 기장: 장부를 적고 재무제표를 만듭니다. 업종과 거래 구조를 먼저 파악한 뒤 처리 방식을 정합니다.
  • 경리 아웃소싱: 세금계산서 발급, 입출금 관리, 채권채무 잔액 관리 같은 경리 업무를 맡습니다.
  • 회계·세무자문: 회계 처리를 정할 때 생기는 질문에 답합니다.

정상원 대표 공인회계사가 직접 담당합니다. 정상원 대표는 삼정회계법인 금융감사본부, 삼일회계법인 감사본부·Valuation 전담팀에서 감사와 회계자문을 했습니다. 물어보시면 상담 신청 후 하루 안 회신을 기준으로 답합니다.

내과 의원의 검진비와 예방접종비는 누가 얼마나 부담하나요?

건강보험 가입자·피부양자의 일반·영유아 건강검진 비용은 건강검진 실시기준에 따라 공단이 전액 부담합니다. 위탁 예방접종에 드는 경비는 시·군·구 등이 전부 또는 일부를 부담합니다.

실시기준에서 정한 검사항목이 아니거나 정한 검사방법에 따르지 않은 비용은 공단이 부담하지 않습니다. 검사항목별 검진비용과 접종 한 건의 비용은 이 쪽에 싣지 않습니다.

건강보험 외래진료에서 환자가 내는 본인일부부담금의 비율은 병의원 쪽에 있습니다.

내과 의원도 국가건강검진과 예방접종을 맡을 수 있나요?

국가건강검진은 검진기관으로 지정을 받아야 할 수 있습니다. 필수예방접종은 시장·군수·구청장 등이 의원·병원급 의료기관 가운데 지정한 곳에 위탁할 수 있는 업무입니다.

검진기관 지정신청서는 국민건강보험공단에 냅니다. 공단은 접수일부터 7일 이내에 검토의견서를 붙여 시장·군수·구청장 등에게 보내고, 시장·군수·구청장 등은 받은 날부터 3일 이내에 지정 여부를 정해 지정서를 발급합니다.

위탁 대상은 보건소에서 하기 어렵거나 보건소를 이용하기 불편한 주민 등에 대한 예방접종업무이고, 위탁한 기관은 공고합니다. 위탁할 때는 위탁범위와 계약 기간·조건·해지가 든 위탁계약서를 쓰고, 비용 산정과 상환 절차는 질병관리청장이 고시합니다.

내과 의원의 검진비·예방접종비·건강보험 진료비는 어떻게 청구하나요?

건강보험 진료비는 심사평가원에 심사청구를 하고, 일반·영유아 건강검진 비용은 국민건강보험공단에 청구하며, 위탁 예방접종 비용은 시장·군수·구청장 등에게 상환을 신청합니다.

검진비는 공단 전산시스템(건강검진 포털) 등에 검진결과내역을 등록한 뒤, 건강검진을 마친 날부터 30일 이내에 전산자료로 청구합니다. 공단은 청구서가 접수된 날부터 15일 이내에 검진비용을 지급해야 하고, 청구 착오를 정정하는 데 걸린 기간은 여기서 빠집니다. 위탁 예방접종은 상환을 신청할 때 질병관리청 예방접종통합관리시스템으로 접종 기록 등을 등록·보고합니다. 상환 인정 통지와 지급 기한은 자주 묻는 질문에 있습니다.

건강보험 진료비는 심사평가원이 심사청구를 받은 날부터 40일(정보통신망으로 통보하는 경우 15일) 이내에 심사합니다. 이 기한은 입금 날짜가 아니고 심사에 필요한 자료를 요청한 기간 등은 빠지며, 공단은 심사 결과를 받으면 지체 없이 지급합니다. 심사 결과에 이의가 있을 때의 이의신청 기한과 결정 기간, 그다음 심판청구는 병의원 쪽에 있습니다.

요양급여비용을 받을 권리는 3년 동안 행사하지 않으면 소멸시효가 완성됩니다. 언제부터 세는지는 조문에 적혀 있지 않아 이 쪽에서 단정하지 않습니다.

내과 의원의 사업장 현황신고와 검진비 청구는 언제까지 하나요?

사업장 현황신고는 해당 과세기간의 다음 연도 2월 10일까지, 일반·영유아 건강검진 비용 청구는 검진을 마친 날부터 30일 이내입니다.

할 일 기한 내는 곳
의료비 증명서류 제출(연말정산용) 고시 기준 매년 1월 7일(국세청장이 따로 정하면 해당 연도 11월 말까지 공지) 국세청장 또는 자료집중기관
사업장 현황신고 해당 과세기간의 다음 연도 2월 10일까지 사업장 소재지 관할 세무서장
종합소득세 확정신고(성실신고확인서를 내지 않는 경우) 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 납세지 관할 세무서장
종합소득세 확정신고(성실신고확인서를 내는 경우) 다음 연도 5월 1일부터 6월 30일까지 납세지 관할 세무서장
일반·영유아 건강검진 비용 청구 건강검진을 마친 날부터 30일 이내 국민건강보험공단
검진기관 변경신고 명칭·개설자·소재지, 검진 인력·시설·장비가 바뀐 날부터 15일 이내 국민건강보험공단
요양기관 현황 변경 신고 신고한 현황 가운데 요양급여비용의 증감에 관련된 사항이 바뀐 날부터 15일 이내 심사평가원

사업장 현황신고와 종합소득세 신고처럼 세법이 정한 기한이 토요일·일요일, 공휴일·대체공휴일, 노동절이면 그 다음날이 기한입니다. 검진비 청구와 검진기관·요양기관 변경 신고는 세법의 기한이 아니어서 이 규정을 대지 않습니다. 의료비 자료 기한이 휴일과 겹치는 해의 처리는 고시에 없으므로 그해 국세청 공지를 봅니다.

내과 의원이 비급여 수입을 빠뜨리거나 검진비를 잘못 청구하면 어떻게 되나요?

의료업 사업자가 비급여 수입을 빠뜨려 사업장 현황신고의 수입금액을 미달하게 신고하면, 미달하게 신고한 수입금액의 1천분의 5가 가산세입니다. 신고를 하지 않았으면 신고하지 않은 수입금액의 1천분의 5입니다.

비급여에는 세금 신고와 별개로 의료법의 보고 의무가 있습니다. 의료기관의 장은 비급여 진료비용과 제증명수수료의 항목·기준·금액·진료내역 등을 반기마다 보건복지부장관에게 보고하고, 의료기관별·항목별 보고 횟수는 고시로 달리 정할 수 있습니다. 이 보고를 하지 않거나 거짓으로 보고하면 200만원 이하의 과태료 대상입니다.

검진 비용을 거짓이나 부정한 방법으로 청구하면, 보건복지부장관이 검진기관 지정을 취소하거나 6개월 이내의 기간을 정해 국가건강검진 업무의 전부 또는 일부의 정지를 명할 수 있는 사유가 됩니다. 지정이 취소되면 취소된 날부터 2년 이내에는 다시 지정받을 수 없습니다.

내과 세무·회계는 누구에게 맡기나요?

공인회계사법은 회계에 관한 감사·감정·증명·계산·정리를 공인회계사의 직무로 정합니다. 세무대리는 세무사법에 따라 등록한 사람만 할 수 있고, 변호사가 그 직무로 하는 경우는 예외입니다.

성실신고확인을 할 수 있는 자는 세무사(세무사법 제20조의2에 따라 등록한 공인회계사 포함), 세무법인, 회계법인입니다. 장부를 맡기는 곳에 신고와 확인까지 맡기려면, 그곳이 세무대리를 할 수 있는 등록을 했는지 함께 확인합니다. 두 자격의 업무 범위는 세무사와 공인회계사 쪽에서 조문 그대로 비교합니다.

세무회계 피아크의 업무는 위 '피아크가 하는 일' 절에 있습니다. 옮기는 절차는 맡긴 곳을 바꿀 때, 상담은 상담 남기기에서 봅니다.

자주 묻는 질문

내과 검진 수입은 어떻게 신고하나요?

일반·영유아 건강검진 비용은 검진결과내역을 등록한 뒤 국민건강보험공단에 청구해 받습니다(암검진은 다른 고시). 검진 수입의 소득세·부가가치세 처리와 원천징수 여부는 건강검진 실시기준에 정해져 있지 않아 단정하지 않습니다. 종합소득세 신고 전에 받은 금액과 원천징수 내역을 맞춰 확인합니다.

건강검진 뒤 내과에서 받는 추가 진료도 환자가 비용을 내나요?

일반건강검진 결과 보건복지부장관이 고시한 질환으로 추가 진료나 검사가 필요하다고 인정된 사람이, 검진받은 날이 속하는 연도의 다음 연도 3월 31일까지 그 질환에 대해 고시된 요양급여를 의원에서 받으면 본인일부부담금이 없습니다. 대상 질환과 진료 범위는 고시로 정합니다.

위탁 예방접종 비용은 상환 신청 뒤 언제까지 통지·지급되나요?

시장·군수·구청장 등은 비용 상환 신청일부터 15일 이내에 상환 인정 여부를 통지하고, 보완 자료를 내는 데 걸린 기간은 여기에 넣지 않습니다. 인정 사실을 통보한 날부터 15일 이내에 위탁 의료기관 또는 백신을 공급하는 기관에 지급하되, 예산 부족 등 부득이한 사유가 있으면 예외입니다. 두 기한은 각각 시장·군수·구청장 등의 의무이고, 더해서 입금 날짜로 읽지 않습니다.

출처·기준일

  1. 건강검진기본법 제14조 제1항·제2항 시행일 확인일 원문 보기
  2. 감염병의 예방 및 관리에 관한 법률 시행령 제20조 제1항 시행일 확인일 원문 보기
  3. 국민건강보험법 제44조 제1항 전단 시행일 확인일 원문 보기
  4. 국민건강보험법 제47조 제1항~제3항 시행일 확인일 원문 보기
  5. 건강검진 실시기준(보건복지부고시 제2026-6호) 제13조 검진비용의 청구ㆍ지급 시행일 확인일 원문 보기
  6. 감염병의 예방 및 관리에 관한 법률 제24조 제1항·제2항 시행일 확인일 원문 보기
  7. 예방접종업무의 위탁에 관한 규정(질병관리청고시 제2023-16호) 제6조 예방접종비용 상환 신청 시행일 확인일 원문 보기
  8. 의료법 제45조 제1항 시행일 확인일 원문 보기
  9. 의료법 제45조 제3항 시행일 확인일 원문 보기
  10. 부가가치세법 시행령 제35조 제1호 시행일 확인일 원문 보기
  11. 소득세법 시행령 제184조 제1항 시행일 확인일 원문 보기
  12. 소득세법 제76조 제3항 제1호·제4호 시행일 확인일 원문 보기
  13. 현금영수증 발급의무(국세청 국세신고안내) 확인일 원문 보기
  14. 소득세법 제39조 제1항 시행일 확인일 원문 보기
  15. 국민건강보험법 제43조 제1항·제2항 시행일 확인일 원문 보기
  16. 소득세법 시행령 제133조 제1항 제3호 시행일 확인일 원문 보기
  17. 건강검진기본법 시행규칙 제5조 제6항 시행일 확인일 원문 보기
  18. 건강검진 실시기준(보건복지부고시 제2026-6호) 제12조 검진비용의 부담 시행일 확인일 원문 보기
  19. 감염병의 예방 및 관리에 관한 법률 제64조 제2호·제3호 시행일 확인일 원문 보기
  20. 건강검진기본법 시행규칙 제5조 제1항·제4항·제5항 시행일 확인일 원문 보기
  21. 감염병의 예방 및 관리에 관한 법률 시행령 제20조 제2항·제3항 시행일 확인일 원문 보기
  22. 건강검진 실시기준(보건복지부고시 제2026-6호) 제13조 검진비용의 청구ㆍ지급 시행일 확인일 원문 보기
  23. 국민건강보험법 시행규칙 제20조 제2항 시행일 확인일 원문 보기
  24. 국민건강보험법 제91조 제1항 제4호 시행일 확인일 원문 보기
  25. 소득세법 제78조 제1항 본문 시행일 확인일 원문 보기
  26. 국세청장이 인터넷을 통하여 제공하는 소득공제 및 세액공제 증명서류에 관한 고시(국세청 고시 제2026-28호) 별표 2 소득공제 및 세액공제 증명서류 제출기한 시행일 확인일 원문 보기
  27. 국세청장이 인터넷을 통하여 제공하는 소득공제 및 세액공제 증명서류에 관한 고시(국세청 고시 제2026-28호) 시행일 확인일 원문 보기
  28. 소득세법 제70조 제1항 시행일 확인일 원문 보기
  29. 소득세법 제70조의2 제2항 시행일 확인일 원문 보기
  30. 국세기본법 제5조 제1항 시행일 확인일 원문 보기
  31. 소득세법 제81조의3 제1항 시행일 확인일 원문 보기
  32. 소득세법 시행령 제147조의2 시행일 확인일 원문 보기
  33. 의료법 제45조의2 제1항 시행일 확인일 원문 보기
  34. 의료법 시행규칙 제42조의3 제1항 시행일 확인일 원문 보기
  35. 의료법 제92조 제2항 제2호 시행일 확인일 원문 보기
  36. 건강검진기본법 제16조 제1항·제2항 시행일 확인일 원문 보기
  37. 건강검진기본법 시행령 제10조 제1항 시행일 확인일 원문 보기
  38. 공인회계사법 제2조 시행일 확인일 원문 보기
  39. 세무사법 제20조 제1항 시행일 확인일 원문 보기
  40. 소득세법 시행령 제133조 제3항 시행일 확인일 원문 보기
  41. 본인일부부담금의 부담률 및 부담액(제19조제1항 관련) 시행일 확인일 원문 보기
  42. 예방접종업무의 위탁에 관한 규정(질병관리청고시 제2023-16호) 제9조 예방접종 비용 심사결과의 통보 시행일 확인일 원문 보기
  43. 예방접종업무의 위탁에 관한 규정(질병관리청고시 제2023-16호) 제10조 예방접종 비용의 지급 시행일 확인일 원문 보기

사무소 사실 쪽 기준일 2026-11-11 수정일

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