검수 전 초안

피부과·성형외과는 과세 진료가 생기면 부가가치세 신고와 매입세액 구분이 따라옵니다

원장님, 비급여라고 모두 과세되지는 않습니다. 요양급여 대상에서 빠지면서 부가가치세법 시행령 각 목에 열거된 진료만 과세됩니다. 과세 진료가 생기면 달라지는 영수증·매입세액·신고 일정을 법령과 국세청 원문 기준으로 적었습니다.

핵심 사실

  • 의사가 제공하는 진료는 부가가치세 면세가 원칙이고, 요양급여 대상에서 제외되는 진료 가운데 시행령 각 목에 열거된 진료용역만 면세에서 제외됩니다.
  • 면세에서 제외되는 진료용역에는 세율 10퍼센트의 부가가치세가 붙고, 세금계산서 대신 영수증을 발급하며 신용카드매출전표 등은 그 영수증으로 봅니다.
  • 과세 진료가 있는 개인 일반과세자는 제1기(1.1~6.30.)분을 7.1.~7.25.에, 제2기(7.1~12.31.)분을 다음해 1.1.~1.25.에 확정신고·납부합니다.

피부과·성형외과의 돈은 어떻게 나뉘나요

요양급여 대상인지(건강보험 적용 여부), 그리고 시행령 각 목에 열거된 진료인지에 따라 부가가치세가 갈립니다.

갈래 부가가치세 함께 볼 곳
건강보험 진료(요양급여) 면세 사업장 현황신고
비급여 진료 가운데 시행령에 열거되지 않은 진료 면세 과세 대상인가요
비급여 진료 가운데 시행령에 열거된 진료 과세(세율 10퍼센트) 신고 기한

과세 진료와 면세 진료를 함께 할 때 사업장 현황신고가 어떻게 되는지, 그 기한과 가산세는 병의원 쪽에 있습니다.

자주 틀리는 처리

비급여면 과세라고 보는 것. 면세에서 빠지려면 요양급여 대상에서 제외되고, 동시에 시행령 각 목에 열거된 진료여야 합니다. 열거되지 않은 비급여 진료는 면세입니다.

시술 이름이나 장비 이름으로 정하는 것. 피부 시술을 정한 나목은 '등' 없이 이름을 늘어놓은 열거이고, 장비·약제의 상품명은 그 열거에 없습니다. 이 쪽은 조문에 이름이 없는 시술을 과세나 면세로 나누지 않습니다. 진료마다 목적과 내용을 놓고 따로 확인합니다.

환자의 의료비 세액공제와 같은 기준으로 보는 것. 의료비 세액공제에서 공제 대상 의료비에는 미용·성형수술을 위한 비용이 들어가지 않습니다. 이것은 환자 쪽 소득세법 기준이고, 병의원의 부가가치세 과세·면세를 가르는 부가가치세법 시행령 기준과는 다른 법의 다른 기준입니다. 어떤 진료가 '미용·성형수술'인지도 그 조문에 열거되어 있지 않습니다.

면세사업자 등록 그대로 과세 진료를 시작하는 것. 소득세법에 따라 면세사업자로 등록한 병의원이 과세사업을 더하려는 경우, 사업자등록 정정신고서를 내면 부가가치세법에 따른 등록신청을 한 것으로 봅니다. 등록 절차는 개원 준비 쪽에 있습니다.

단계마다 무엇을 하나요

  • 개원할 때. 개설신고와 사업자등록, 장비의 감가상각 신고는 개원 준비 쪽에 있습니다.
  • 개원 첫해. 첫 종합소득세와 중간예납은 개원 첫해 쪽에 있습니다.
  • 해마다. 과세 진료가 있는 개인 의원은 과세기간마다 부가가치세 확정신고를 하고, 세무서장이 예정고지한 세액을 냅니다. 고지하지 않는 경우와 기한은 신고 기한에 모았습니다.
  • 수입이 늘 때. 성실신고확인 기준과 기한은 성실신고 대상 진입 쪽에 있습니다.

피아크가 하는 일

세무회계 피아크는 공인회계사가 운영하는 세무회계 사무소입니다. 병의원 가운데 거래하는 진료과는 한의원과 내과입니다. 사무소가 수행하는 업무 가운데 과세·면세 진료를 함께 하는 의원의 장부와 경리에 닿는 일은 아래 셋입니다.

  • 기장: 장부를 적고 재무제표를 만듭니다.
  • 경리 아웃소싱: 입출금 관리, 채권채무 잔액 관리 같은 경리 업무를 맡습니다.
  • 회계·세무자문: 회계 처리를 정할 때 생기는 질문에 답합니다.

정상원 대표 공인회계사가 감사와 회계자문을 한 곳은 삼정회계법인 금융감사본부, 삼일회계법인 감사본부·Valuation 전담팀입니다. 물어보시면 상담 신청 후 하루 안 회신을 기준으로 답합니다.

피부과·성형외과 진료는 모두 부가가치세 과세 대상인가요?

모두는 아닙니다. 의사가 제공하는 진료는 부가가치세 면세가 원칙이고, 요양급여 대상에서 제외되는 진료 가운데 시행령 각 목에 열거된 진료용역만 면세에서 제외되어 과세됩니다.

시행령이 열거한 진료는 가목과 나목 두 묶음이고, 둘 다 요양급여 대상에서 제외되는 경우에만 해당합니다.

  • 성형수술(가목). 쌍꺼풀수술, 코성형수술, 유방확대·축소술, 지방흡인술, 주름살제거술, 안면윤곽술, 치아성형 등 성형수술과 악안면 교정술(치아교정치료가 선행되는 악안면 교정술은 제외)입니다. '등 성형수술'이라고 되어 있어 수술 이름은 예시입니다.
  • 피부·모발 시술(나목). 색소모반·주근깨·흑색점·기미 치료술, 여드름 치료술, 제모술, 탈모치료술, 모발이식술, 문신술 및 문신제거술, 피어싱, 지방융해술, 피부재생술, 피부미백술, 항노화치료술, 모공축소술입니다.
  • 가목에서 다시 빠지는 것. 유방암 수술에 따른 유방 재건술, 성형수술로 인한 후유증 치료, 선천성 기형의 재건수술, 종양 제거에 따른 재건수술은 면세에서 제외되는 성형수술에 들어가지 않습니다.

국세청 회신도 있습니다. 회신은 질의한 그 사안에 대한 답이고 법령이 아니므로, 진료마다 목적과 내용을 놓고 따로 확인합니다.

  • 국세청은 의사가 제공하는 시술 가운데 시행령 단서에 해당하지 않는 비후성 흉터·켈로이드 흉터 시술, 편평 사마귀 시술, 딸기코(주사비) 시술은 면세이고, 이에 해당하는지는 시술이나 수술의 목적 등 사실관계를 종합해 사실판단할 사항이라고 회신했습니다.
  • 국세청은 2014년 4월 11일 회신에서 여드름치료술과 탈모치료술의 경우 시술이나 수술 없이 약에 대한 처방전만 발급하는 경우에는 과세대상에서 제외한다고 답했습니다. 두 시술은 지금도 나목에 그대로 있습니다. 처방전만 발급한 사안에 대한 답이므로 다른 경우로 넓혀 읽지 않습니다.
  • 국세청은 과세되는 수술 진료용역에 직접적인 수술비용뿐 아니라 그 수술에 관련된 진찰료·입원료·처치료·검사료·진단료·식대 등 모든 비용에 대한 용역이 포함되고, 그 실지귀속을 구분할 수 없으면 공급 당시 구분되는 과세공급가액과 면세공급가액의 비율로 산정한 가액으로 각각 계산한다고 회신했습니다. 수술에 대한 회신이므로 나목의 시술로 넓혀 읽지 않습니다.
  • 한의사가 공급한 여드름흉터 치료에 대한 회신은 한의원 쪽에 있습니다.

의사업을 경영하는 사업자는 간이과세자로 보지 않습니다. 그래서 아래 기한은 일반과세자 기준입니다.

과세 진료의 부가가치세는 얼마인가요?

부가가치세 세율은 10퍼센트입니다. 시행령에 열거되어 면세에서 제외되는 진료용역을 공급할 때 이 세율이 적용됩니다.

과세 진료와 면세 진료에 함께 쓰는 매입의 세액(공통매입세액)을 나누지 않고 공제되는 매입세액으로 하는 금액 기준은 아래와 같습니다.

경우 처리
해당 과세기간의 공통매입세액이 5만원 미만 안분하지 않고 공제되는 매입세액으로 함
해당 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 5퍼센트 미만(공통매입세액이 5백만원 이상이면 제외) 공통매입세액 전부를 공제되는 매입세액으로 함

두 번째 기준은 '면세' 공급가액이 작은 경우입니다. 과세 매출이 작은 경우로 바꿔 읽지 않습니다. 현금으로 받을 때 현금영수증을 꼭 발급해야 하는 금액은 병의원 쪽에 있습니다.

과세 진료와 면세 진료를 함께 하면 매입세액은 어떻게 나누나요?

먼저 매입이 어느 진료에 쓰였는지(실지귀속)로 나누고, 나눌 수 없는 공통매입세액만 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 시행령이 정한 기준으로 나눕니다(안분).

  1. 면세 진료에 관련된 매입세액은 투자에 관련된 것까지 매출세액에서 공제하지 않습니다.
  2. 나눌 수 없는 공통매입세액 가운데 면세 쪽 몫은 공통매입세액에 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율을 곱해 계산합니다(재정경제부령으로 정하는 경우 제외).
  3. 예정신고를 하는 경우에는 예정신고기간의 비율로 안분하고, 확정신고 때 정산합니다. 개인 의원이 예정신고를 할 수 있는 경우는 신고 기한에 있습니다.

과세 진료를 공급할 때의 영수증은 이렇게 정해져 있습니다. 면세에서 제외되는 진료용역을 공급하는 사업자는 세금계산서를 발급하는 대신 영수증을 발급하고, 신용카드매출전표 등은 그 영수증으로 봅니다.

과세 진료분 부가가치세 신고는 언제까지 하나요?

과세 진료가 있는 개인 일반과세자는 제1기(1.1~6.30.)분을 7.1.~7.25.에, 제2기(7.1~12.31.)분을 다음해 1.1.~1.25.에 확정신고·납부합니다.

  • 개인 일반사업자는 예정신고 의무가 없고, 세무서장이 직전 과세기간 납부세액의 50퍼센트를 결정해 예정신고기간이 끝난 후 25일까지 징수합니다(4월·10월 예정고지). 예정고지된 세액은 다음 확정신고 때 이미 낸 세액으로 뺍니다.
  • 예정고지로 징수할 금액이 50만원 미만이면 징수하지 않습니다.
  • 휴업 또는 사업 부진 등으로 예정신고기간의 공급가액 또는 납부세액이 직전 과세기간의 3분의 1에 미달하거나 조기환급을 받으려는 경우에는 예정신고를 하고 납부할 수 있습니다.
  • 폐업하면 폐업일이 속한 달의 다음 달 25일 이내에 확정신고를 합니다.
  • 기한이 토요일·일요일, 공휴일·대체공휴일, 노동절이면 그 다음날이 기한입니다.

부가가치세 신고를 놓치거나 적게 하면 어떻게 되나요?

법정신고기한까지 신고하지 않으면 무신고납부세액의 100분의 20이, 적게 신고하면 과소신고납부세액의 100분의 10이 가산세입니다. 부정행위로 인한 부분은 100분의 40입니다.

  • 부가가치세법 시행령은 현금매출명세서를 내야 하는 사업에 보건업(병원과 의원으로 한정)을 둡니다. 현금매출명세서를 내지 않거나 적은 수입금액이 사실과 다르면, 내지 않은 부분의 수입금액이나 실제와의 차액의 1퍼센트를 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺍니다. 과세 진료를 함께 하는 의원에 이 서류가 어떻게 적용되는지는 신고 전에 확인합니다.
  • 현금영수증을 발급하지 않았을 때의 가산세는 병의원 쪽에, 장부를 쓰지 않았을 때의 가산세는 기장 쪽에 있습니다.

피부과·성형외과 세무는 누구에게 맡기나요?

회계에 관한 감사·증명·계산·정리는 공인회계사의 직무입니다. 신고 대리 같은 세무대리는 세무사법이 정한 등록을 한 사람 등만 할 수 있습니다. 맡길 일이 무엇인지와 그 일을 할 수 있는 등록을 함께 확인합니다.

성실신고확인을 할 수 있는 자는 세무사(세무사법 제20조의2에 따라 등록한 공인회계사 포함), 세무법인, 회계법인입니다. 자격별 업무 범위는 세무사와 공인회계사 쪽에서 법령 그대로 비교합니다.

세무회계 피아크가 하는 일은 위 '피아크가 하는 일' 절에 있습니다. 상담은 상담 남기기로 받습니다.

자주 묻는 질문

성형외과 현금영수증은 어떻게 발급해야 하나요?

국세청 안내의 현금영수증 의무발행업종에 일반의원(피부과·성형외과 등)이 들어 있어, 건당 거래금액(부가가치세액 포함)이 10만원 이상인 대금을 현금으로 받으면 환자가 요청하지 않아도 현금영수증을 발급해야 합니다. 무기명 발급 기한과 미발급 가산세는 병의원 쪽에 있습니다.

피부과 레이저 장비는 감가상각을 어떻게 하나요?

시험연구용 자산과 영업권 등 무형자산 외의 감가상각자산은 기준내용연수에 그 100분의 25를 더하거나 뺀 범위 안에서 사업자가 골라 신고한 내용연수를 적용하고, 신고기한 안에 신고하지 않으면 기준내용연수를 적용합니다. 의료장비가 법인세법 시행규칙의 어느 별표에 드는지는 별표 문언에 적혀 있지 않습니다. 내용연수 표는 개원 준비에, 신고 기한은 개원 준비의 기한에 있습니다.

외국인 환자 미용성형의 부가가치세 환급 특례는 지금도 적용되나요?

외국인관광객 미용성형 의료용역 부가가치세 환급 특례는 외국인관광객이 보건복지부장관에게 등록한 의료기관에서 2025년 12월 31일까지 공급받은, 부가가치세가 면제되지 않는 의료용역이 대상이었고, 현행 조문에도 적용 대상은 2025년 12월 31일까지 공급받은 분으로 적혀 있습니다. 적용 기한을 다시 늘리는 입법이 있는지는 해마다 확인할 사항입니다.

시술권(패키지) 대금을 미리 받으면 언제 수입으로 잡나요?

소득세법 시행령은 건설·제조 기타 용역의 제공은 용역의 제공을 완료한 날을 사업소득의 수입시기로 정합니다(계약기간이 1년 이상이고 재정경제부령이 정하는 경우에는 작업진행률을 기준으로 해야 하고, 계약기간이 1년 미만이라도 재정경제부령이 정하는 경우에는 작업진행률을 기준으로 할 수 있음). 인적용역의 제공은 용역대가를 지급받기로 한 날 또는 용역의 제공을 완료한 날 중 빠른 날이 수입시기입니다. 의료용역이 이 가운데 어느 쪽에 드는지는 조문에 적혀 있지 않아, 계약 내용과 함께 확인할 사항입니다.

출처·기준일

  1. 부가가치세법 시행령 제35조 제1호 시행일 확인일 원문 보기
  2. 부가가치세법 제30조 시행일 확인일 원문 보기
  3. 부가가치세법 시행령 제35조 제1호 나목 시행일 확인일 원문 보기
  4. 소득세법 시행령 제118조의5 제2항 시행일 확인일 원문 보기
  5. 부가가치세법 시행령 제11조 제10항 시행일 확인일 원문 보기
  6. 부가가치세법 제49조 제1항 시행일 확인일 원문 보기
  7. 부가가치세법 제48조 제3항 시행일 확인일 원문 보기
  8. 부가가치세법 시행령 제35조 제1호 가목 시행일 확인일 원문 보기
  9. 부가가치세법 시행령 제35조 제1호 가목 시행일 확인일 원문 보기
  10. 비후성 흉터·켈로이드 흉터 시술, 편평 사마귀 시술, 딸기코(주사비) 시술은 부가가치세가 면세되는지(국세청 서면-2024-부가-5065, 2025. 11. 27.) 시행일 확인일 원문 보기
  11. 시술이나 수술없이 약 처방전만 발급시 부가가치세 과세 여부(국세청 부가가치세과-316, 2014. 4. 11.) 시행일 확인일 원문 보기
  12. 부가가치세법 시행령 제109조 제2항 제7호 시행일 확인일 원문 보기
  13. 부가가치세법 시행령 제81조 제2항 제2호 시행일 확인일 원문 보기
  14. 부가가치세법 시행령 제81조 제2항 제1호 시행일 확인일 원문 보기
  15. 부가가치세법 제40조 시행일 확인일 원문 보기
  16. 부가가치세법 제39조 제1항 제7호 시행일 확인일 원문 보기
  17. 공통매입세액 안분 계산 시행일 확인일 원문 보기
  18. 부가가치세법 시행령 제81조 제1항 단서 시행일 확인일 원문 보기
  19. 부가가치세법 제36조 제1항 제1호·제5항 시행일 확인일 원문 보기
  20. 부가가치세법 시행령 제73조 제1항 제9호 시행일 확인일 원문 보기
  21. 부가가치세 신고납부기한(국세청 국세신고안내) 확인일 원문 보기
  22. 부가가치세 신고납부기한(국세청 국세신고안내) 확인일 원문 보기
  23. 부가가치세 신고납부기한(국세청 국세신고안내) 확인일 원문 보기
  24. 부가가치세법 제48조 제3항 제1호 시행일 확인일 원문 보기
  25. 부가가치세법 시행령 제90조 제6항 시행일 확인일 원문 보기
  26. 국세기본법 제5조 제1항 시행일 확인일 원문 보기
  27. 국세기본법 제47조의2 제1항 시행일 확인일 원문 보기
  28. 국세기본법 제47조의3 제1항 시행일 확인일 원문 보기
  29. 부가가치세법 시행령 제100조 시행일 확인일 원문 보기
  30. 부가가치세법 제60조 제8항 시행일 확인일 원문 보기
  31. 공인회계사법 제2조 시행일 확인일 원문 보기
  32. 세무사법 제2조 제1호~제4호 시행일 확인일 원문 보기
  33. 세무사법 제20조 제1항 시행일 확인일 원문 보기
  34. 소득세법 시행령 제133조 제3항 시행일 확인일 원문 보기
  35. 현금영수증 발급의무(국세청 국세신고안내) 확인일 원문 보기
  36. 소득세법 제162조의3 제4항 본문 시행일 확인일 원문 보기
  37. 소득세법 시행령 제63조 제1항 제2호 시행일 확인일 원문 보기
  38. 조세특례제한법 제107조의3 제1항 시행일 확인일 원문 보기
  39. 조세특례제한법 시행령 제109조의3 제2항 시행일 확인일 원문 보기
  40. 소득세법 시행령 제48조 제5호 시행일 확인일 원문 보기
  41. 소득세법 시행령 제48조 제8호 본문 시행일 확인일 원문 보기

사무소 사실 쪽 기준일 2026-11-11 수정일

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