검수 전 초안

보조금 정산을 앞두고 무엇을 언제까지 내야 하나요?

대표님, 보조금 정산을 앞두셨다면, 서류마다 기한을 세는 날이 다르니 대상인지와 순서부터 확인합니다.

핵심 사실

  • 국고보조금 실적보고서는 사업 완료, 폐지 승인, 회계연도 종료 가운데 사유가 생긴 날부터 2개월 내에 냅니다(지방자치단체의 장인 보조사업자는 3개월 내).
  • 국고보조금의 정산보고서 검증 기준 금액은 해당 사업의 보조금 총액 1억원이고, 총액이 그 금액 이상인 보조사업자(지방자치단체 제외)는 감사인에게서 검증을 받습니다(공기업·준정부기관 등 달리 정할 필요가 있으면 기획예산처장관이 고시하는 금액).
  • 같은 회계연도 중 교부받은 국고보조금 총액이 10억원 이상인 보조사업자(지방자치단체 제외)는 교부결정을 통지받은 날부터 3개월 이내에 감사인을 선임하고, 회계연도 종료일부터 4개월 이내에 감사보고서를 냅니다(생략하거나 다른 감사 관련 보고서로 갈음할 수 있는 경우가 있음).

정산을 앞두고 먼저 볼 것

보조금 정산은 서류 한 장으로 끝나지 않습니다. 실적보고서는 보고 사유가 생긴 날부터 기한을 세고, 회계감사 대상이면 감사인 선임은 교부결정 통지를 받은 날부터, 감사보고서는 회계연도 종료일부터 셉니다. 세는 날이 다르니 기한도 서로 다른 날에 옵니다.

대표님이 먼저 볼 서류는 교부결정 통지서입니다. 재원이 국고보조금인지 지방보조금인지에 따라 적용되는 법과 기준 금액이 다릅니다. 재원을 가리는 방법은 보조금 정산·검토 쪽에 있습니다.

우리 회사는 정산보고서 검증이나 회계감사를 받아야 하는 대상인가요?

정산보고서 검증 기준 금액은 해당 사업의 보조금 총액으로 국고보조금 1억원, 지방보조금 3억원이고, 그 금액 이상이면 검증을 받습니다. 보조사업자가 지방자치단체이면 빠집니다. 같은 회계연도 중 교부받은 총액이 10억원 이상이면 회계감사도 받습니다.

무엇 국고보조금 지방보조금
정산보고서 검증 검증 기준 금액은 해당 사업의 보조금 총액 1억원(공기업·준정부기관 등 달리 정할 필요가 있으면 기획예산처장관이 고시하는 금액)이고, 그 금액 이상이면 대상 해당 사업의 지방보조금 총액 3억원 이상(그 내용이 든 국고 보조사업에서 이미 검증을 받았으면 제외)
회계감사(감사보고서 제출) 같은 회계연도 중 교부받은 보조금 총액 10억원 이상 같은 회계연도 중 교부받은 지방보조금 총액 10억원 이상

확인할 것은 두 가지입니다.

  • 검증은 사업 하나에 대한 총액을, 회계감사는 한 회계연도에 교부받은 총액을 봅니다.
  • 국고보조금은 회계감사 대상이어도 직전 회계연도에 감사보고서를 냈거나 다른 법률에 따라 회계감사를 받는 경우, 감사보고서를 생략하거나 다른 감사 관련 보고서로 갈음할 수 있는 때가 있습니다. 조건은 보조금 정산·검토의 자주 묻는 질문에 있습니다.

실적보고서와 감사보고서는 각각 언제까지 내나요?

실적보고서는 사업 완료, 폐지 승인, 회계연도 종료 가운데 보고 사유가 생긴 날부터 국고보조금은 2개월 내, 지방보조금도 2개월 이내에 냅니다. 회계감사 대상의 감사보고서는 회계연도 종료일부터 4개월 이내입니다.

기한을 세는 날 할 일 국고보조금 지방보조금
교부결정 통지를 받은 날 감사인 선임(회계감사 대상만) 3개월 이내 3개월 이내
보고 사유가 생긴 날 실적보고서(정산보고서 첨부) 2개월 내(지방자치단체의 장인 보조사업자는 3개월 내) 2개월 이내
회계연도 종료일 감사보고서(회계감사 대상만) 4개월 이내 4개월 이내

달력 날짜는 회계연도와 보고 사유가 생긴 날에 따라 달라지므로 표에 적지 않았습니다. 정보 공시의 대상과 기한은 보조금 정산·검토 쪽에 있습니다.

정산은 어떤 순서로 준비하나요?

회계감사 대상이면 감사인부터 정합니다. 보고 사유가 생기면 정산보고서를 붙여 실적보고서를 냅니다. 검증 대상이면 그 정산보고서는 감사인에게서 적정성 검증을 받습니다.

  1. 교부결정 통지서에서 재원과 교부받은 금액을 확인합니다. 위 대상인가요 표로 검증·회계감사 대상인지 봅니다.
  2. 회계감사 대상이면 감사인을 먼저 정합니다. 감사인 선임 기한은 교부결정 통지를 받은 날부터 셉니다.
  3. 보조금은 회사 돈과 나눠 처리합니다. 국고보조금은 별도의 계정을 설정하고 회사 자체의 수입·지출과 명백히 구분해 회계처리합니다.
  4. 국고보조금의 보조사업자와 간접보조사업자는 집행과 사후관리 등 보조금 관리 업무를 보조금통합관리망을 통해 수행합니다(통일·안보 관련 등 따로 정한 사업은 제외).
  5. 국고보조금으로 부동산을 취득했다면 등기를 확인합니다. 중요재산 가운데 부동산은 소유권 등기를 할 때 부기등기를 하고, 보조금 교부로 등기 내용이 바뀌지 않는 경우에는 실적보고서 제출 전까지 합니다.
  6. 보고 사유가 생기면 정산보고서를 붙인 실적보고서를 냅니다. 첨부 서류에는 정산보고서와 함께 중앙관서의 장이 정하는 서류가 들어갑니다. 검증 대상이면 감사인에게서 정산보고서의 적정성 검증을 받습니다.
  7. 회계감사 대상이면 감사인이 해당 회계연도를 기준으로 작성한 감사보고서를 보조금을 교부한 중앙관서의 장(지방보조금은 지방자치단체의 장)에게 냅니다.
  8. 자료를 보관합니다. 보조사업 수행과 관련된 계산서·증거서류·설명 서류의 보관기간은 5년이고, 지방보조사업자도 관련 자료를 5년 동안 보관합니다.

감사인 선임, 실적보고서, 감사보고서의 기한은 위 언제까지 표에 있습니다.

실적보고서를 늦게 내거나 보조금을 다른 용도에 쓰면 어떻게 되나요?

국고보조금 실적보고서를 3개월 이상 늦게 내면 그 뒤 처음 지급하는 보조금이 삭감될 수 있습니다. 보조금을 다른 용도에 쓰면 교부 결정의 전부 또는 일부가 취소될 수 있습니다.

국고보조금은 3개월 이상 늦으면 그 뒤 처음 지급하는 보조금의 100분의 10 이하, 6개월 이상이면 100분의 20 이하, 12개월 이상이면 100분의 50 이하의 범위에서 삭감될 수 있습니다.

지방보조금은 제출 지연으로 삭감하는 경우, 실적보고서를 낸 뒤 처음 교부하는 지방보조금을 기준으로 삭감합니다. 늦어진 기간이 3개월 이상 6개월 미만이면 100분의 10 이하, 6개월 이상 12개월 미만이면 100분의 10 초과 100분의 20 이하, 12개월 이상이면 100분의 20 초과 100분의 50 이하의 범위입니다. 두 법은 구간을 적는 방식이 다릅니다.

보조금을 다른 용도에 쓰거나 부정한 방법으로 받으면 삭감과 별도로 아래 조치와 벌칙이 있습니다.

  • 국고보조금은 다른 용도에 쓴 경우, 법령·교부 결정의 내용·중앙관서의 장의 처분을 위반한 경우, 거짓 신청이나 그 밖의 부정한 방법으로 교부받은 경우에 교부 결정의 전부 또는 일부가 취소될 수 있습니다. 취소되면 돌려줄 금액은 아래 얼마인가요에 있습니다.
  • 국고보조금은 부정한 방법으로 교부받아 취소를 1회 이상, 다른 용도에 사용해 2회 이상, 법령·교부 결정·처분 위반으로 3회 이상 받으면 그 사실이 확인된 날부터 5년 이내의 범위에서 보조사업 수행 대상에서 배제되거나 보조금 교부가 제한됩니다.
행위 벌칙
거짓 신청이나 부정한 방법으로 교부받음 10년 이하의 징역 또는 1억원 이하의 벌금(국고보조금) · 지방보조금도 10년 이하의 징역 또는 1억원 이하의 벌금
다른 용도에 사용, 승인 없이 중요재산에 금지된 행위를 함 5년 이하의 징역 또는 5천만원 이하의 벌금(국고보조금)
자료를 보관하지 않음, 실적 보고 등에서 거짓 보고 1년 이하의 징역 또는 1천만원 이하의 벌금(국고보조금)

표의 징역과 벌금은 '이하'로 정한 상한입니다. 삭감 비율도 법이 정한 범위이고, 실제로 얼마가 나오는지는 이 쪽에서 계산하지 않습니다.

정산 뒤 돌려줄 금액은 얼마인가요?

국고보조금은 금액이 확정됐을 때 이미 교부된 보조금과 그 이자를 더한 금액이 확정된 금액보다 많으면, 그 초과액을 중앙관서의 장이 정한 기한까지 돌려줍니다.

교부 결정이 취소되면 돌려줄 금액이 달라집니다.

  • 취소된 부분에 이미 보조금이 교부됐다면, 취소한 부분에 해당하는 보조금과 그로 인해 생긴 이자를 중앙관서의 장이 정한 기한까지 돌려줘야 합니다.
  • 보조사업자나 간접보조사업자에게서 보조금을 지급받은 보조금수령자가 거짓이나 부정한 방법으로 받았거나, 다른 용도에 썼거나, 요건을 갖추지 못했으면 지급받은 보조금의 전부 또는 일부를 돌려주라는 명령을 받습니다.
  • 제재부가금은 교부 결정 취소에 따라 반환을 명한 경우와 보조사업자·간접보조사업자가 보조금수령자에게 반환을 명한 경우에, 반환할 총액의 5배 이내에서 부과됩니다. 부정한 수급 등으로 벌금·과료, 몰수·추징, 과징금 또는 과태료를 받은 경우 등에는 면제·삭감 또는 변경·취소할 수 있습니다. 정산 뒤 초과액을 돌려주는 것은 이 두 부과 사유에 들어 있지 않습니다.
  • 지방보조금도 교부 결정 취소에 따라 반환을 명한 경우 등에는 반환할 지방보조금 총액의 5배 이내에서 제재부가금을 부과·징수합니다.

위반 유형별 실제 부과율은 이 쪽에 적지 않았습니다.

정산보고서 검증은 누구에게 맡기나요?

법은 정산보고서 검증과 보조금 회계감사를 감사인이 하도록 정합니다. 감사인은 공인회계사법에 따른 회계법인과 한국공인회계사회에 등록한 감사반입니다.

지방보조금의 정산보고서 검증과 회계감사도 감사인이 합니다.

세무회계 피아크의 수행 업무에는 국가보조금 정산금 검토·사업비 검토·타당성평가가 있습니다. 이 업무는 보조금 수령 회사 대상이고, 법정 검증·감사와는 별개의 업무입니다. 업무 소개는 보조금 정산·검토 쪽에 있습니다.

교부결정 통지서와 사업 기간을 알려주시면 어느 기한이 먼저 오는지부터 함께 봅니다. 전화 02-2135-9133 또는 상담 남기기로 물어보시면 됩니다. 상담 신청 후 하루 안 회신을 기준으로 답합니다.

자주 묻는 질문

보조사업이 여러 해에 걸치면 실적보고서를 해마다 내나요?

보조사업자는 사업을 완료했을 때, 폐지 승인을 받았을 때뿐 아니라 회계연도가 끝났을 때에도 실적보고서를 작성해 냅니다. 그래서 사업이 끝나기 전이라도 회계연도가 끝날 때마다 보고 사유가 생깁니다. 기한은 그 사유가 생긴 날부터 국고보조금은 2개월 내(지방자치단체의 장인 보조사업자는 3개월 내), 지방보조금은 2개월 이내입니다.

간접보조사업자도 실적보고와 정산보고서 검증 대상인가요?

간접보조사업자도 사업 완료, 폐지 승인, 회계연도 종료 가운데 사유가 생긴 날부터 2개월 내에 실적보고서를 중앙관서의 장 또는 보조사업자에게 냅니다. 정산보고서 검증 기준 금액은 해당 사업에 대한 보조금 또는 간접보조금 총액 1억원이고, 간접보조금 총액이 그 금액 이상인 간접보조사업자도 감사인에게서 검증을 받습니다. 교부결정 통지서에서 보조사업인지 간접보조사업인지 먼저 확인합니다.

제재부가금 납부 통지를 받으면 언제까지 내나요?

국고보조금의 제재부가금 납부 통지를 받은 보조사업자 등은 통지를 받은 날부터 30일 이내에 중앙관서의 장이 정하는 수납기관에 냅니다(천재지변이나 전시·사변 등 부득이한 사유로 그 기간에 낼 수 없으면 기한이 달라집니다). 통지서에 적힌 수납기관과 통지를 받은 날을 먼저 확인합니다.

출처·기준일

  1. 보조금 관리에 관한 법률 시행령 제12조 제1항 시행일 확인일 원문 보기
  2. 보조금 관리에 관한 법률 시행령 제12조의3 제1항 시행일 확인일 원문 보기
  3. 보조금 관리에 관한 법률 시행령 제12조의3 제2항 시행일 확인일 원문 보기
  4. 지방자치단체 보조금 관리에 관한 법률 제2조 제1호 시행일 확인일 원문 보기
  5. 보조금 관리에 관한 법률 시행령 제12조의2 제2항 시행일 확인일 원문 보기
  6. 지방자치단체 보조금 관리에 관한 법률 제17조 제2항 시행일 확인일 원문 보기
  7. 보조금 관리에 관한 법률 제27조 제2항 후단 시행일 확인일 원문 보기
  8. 보조금 관리에 관한 법률 제27조의2 제1항 본문 시행일 확인일 원문 보기
  9. 지방자치단체 보조금 관리에 관한 법률 제18조 제1항 본문 시행일 확인일 원문 보기
  10. 보조금 관리에 관한 법률 제27조의2 제1항 단서 시행일 확인일 원문 보기
  11. 보조금 관리에 관한 법률 제27조의2 제2항 시행일 확인일 원문 보기
  12. 보조금 관리에 관한 법률 제27조 제1항 시행일 확인일 원문 보기
  13. 지방자치단체 보조금 관리에 관한 법률 시행령 제9조 제1항 시행일 확인일 원문 보기
  14. 지방자치단체 보조금 관리에 관한 법률 시행령 제11조 제1항·제4항 시행일 확인일 원문 보기
  15. 보조금 관리에 관한 법률 제27조 제2항 전단 시행일 확인일 원문 보기
  16. 보조금 관리에 관한 법률 제34조 제1항 시행일 확인일 원문 보기
  17. 보조금 관리에 관한 법률 제26조의2 제2항 시행일 확인일 원문 보기
  18. 보조금 관리에 관한 법률 제35조의2 제1항·제2항 시행일 확인일 원문 보기
  19. 보조금 관리에 관한 법률 시행령 제10조의2 제1항·제2항 시행일 확인일 원문 보기
  20. 지방자치단체 보조금 관리에 관한 법률 제16조 제3항 시행일 확인일 원문 보기
  21. 보조금 관리에 관한 법률 시행령 제12조 제3항 시행일 확인일 원문 보기
  22. 보조금 관리에 관한 법률 제30조 제1항 시행일 확인일 원문 보기
  23. 지방자치단체 보조금 관리에 관한 법률 시행령 제9조 제4항 시행일 확인일 원문 보기
  24. 보조금 관리에 관한 법률 제31조의2 제1항 시행일 확인일 원문 보기
  25. 보조금 관리에 관한 법률 제40조 제1호 시행일 확인일 원문 보기
  26. 지방자치단체 보조금 관리에 관한 법률 제37조 제1호 시행일 확인일 원문 보기
  27. 보조금 관리에 관한 법률 제41조 제1호·제3호 시행일 확인일 원문 보기
  28. 보조금 관리에 관한 법률 제42조 제2항 제1호·제3호 시행일 확인일 원문 보기
  29. 보조금 관리에 관한 법률 제31조 제2항 본문 시행일 확인일 원문 보기
  30. 보조금 관리에 관한 법률 제31조 제1항 시행일 확인일 원문 보기
  31. 보조금 관리에 관한 법률 제2조 제3호·제6호·제8호 시행일 확인일 원문 보기
  32. 보조금 관리에 관한 법률 제33조 제1항 시행일 확인일 원문 보기
  33. 보조금 관리에 관한 법률 제33조의2 제1항 시행일 확인일 원문 보기
  34. 지방자치단체 보조금 관리에 관한 법률 제35조 제1항 본문 시행일 확인일 원문 보기
  35. 주식회사 등의 외부감사에 관한 법률 제2조 제7호 시행일 확인일 원문 보기
  36. 보조금 관리에 관한 법률 시행령 제14조의2 제6항 시행일 확인일 원문 보기

사무소 사실 쪽 기준일 2026-11-11 수정일

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